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受診時の賃金に際しては、一般定期健康診断では規定はなく、支払うことが望ましいとする厚生労働省の通達がある。規模の大きい事業者では、通常の勤務時間内に事業者指定の病院（事業者自身が経営する病院のこともある）や健診センターで一般定期健康診断を受診させることが多く、その間の時間は有給であるのが一般的である。

規模が小さい事業者では、勤務時間外に各労働者が選択した病院等で一般定期健康診断を受けさせ、後日、その費用を会社が支給していることもある。この場合は受診時間は無給である。

なお、特殊健康診断は有給とされる。

50人未満の労働者を使用する事業場の事業者は、特定の要件を満たせば、健康診断の費用として小規模事業場産業保健活動支援促進助成金を受けることができる。（wikipedia参照）