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健康診断の究極の目的は、対象者にできるだけ健康で長生きしてもらうことであり、つまりマクロで見れば対象の平均寿命の延長である。病気を早期発見でき早めに対処できるのは無条件に良いことと簡単に考えられがちであるが、実際には以下に挙げる様々な要因のため、健康診断はマクロ的に無効で資源の無駄であるばかりか、健康に逆効果となる可能性すらある。実施主体が多くの金銭的負担を抱えるものである以上、その有効性がコストに見合うだけのものであることは統計的、疫学的に証明されなければならないが、多くの場合はそれらの証明には非常に長い歳月を要するため、不十分なエビデンスや予想によって検診を行わざるを得ないこともある。

「健康診断による害」は、「健康診断による利益」よりも先に出現する。無症状の患者に対する採血や内視鏡をはじめとする侵襲や放射線被曝によって、稀ながら合併症が生じる。また無症状の段階で病気を早期発見し、内服や手術による治療を行えば、それによる合併症も一定の割合で生じる。たとえば肺癌のCT検診については、あまりに小さな肺癌をCTで発見できても手術の合併症リスクが高すぎるとして、有効性を疑問視する意見がある。 （wikipedia参照）